Résumé détaillé - 2X01

Cette saison reprend exactement là où se termine la précédente. Finch a été enlevé par Root. Reese, par l'intermédiaire d'une caméra, exige l'aide de la machine pour le retrouver.
La machine le contacte par un téléphone public, et lui communique une série de neuf mots sans lien apparent entre eux ( "Incertitude - Roméo - Kilo - Famille -Alpha - Mike - Reflexion - Juliette - Oscar").
Comprenant qu'il s'agit d'un code, Reese finira par en trouver la clef :il s'agit du code de Dewey. Le système de classement des livres dans leur bibliothèque est en fait la clef de décryptage pour transformer ces 9 mots en un
numéro de sécurité sociale. Il espère que ce numéro sera celui d'une personne qui sait où se trouve Finch et/ou Root.

Dans le même temps, il y a une autre piste à explorer: avant de capturer Finch, Root a tué Alicia Corwin. Reese demande donc à Carter de suivre l'enquête sur ce meurtre.
Reese retrouve le numéro envoyé par la machine: Léon Tao. Ses espoirs d'avoir une piste concernant Finch via cet homme se réduisent vite à néant.
Tao est un numéro comme les autres: comptable ayant blanchi de l'argent pour un gang aryen, il a arnaqué ce gang et est en danger de mort. Reese réalise alors que la machine n'a pas l'intention de lui donner de piste pour la disparition de Finch. Elle va juste considérer Reese comme remplacant d'Harold à lui fournir les numéros à aider.
Reese confie alors le cas de Tao à Fusco. Mais les choses tournent mal, Fusco et Tao tombent aux mains du gang aryen. Reese doit intervenir pour les sauver.
Le gang possède un chien militaire qu'ils ont pris à un ancien soldat. C'est un berger malinois, entrainé pour répondre à des ordres en neerlandais. Reese ayant vu des chiens de ce genre dans son unité lorsqu'il était à l'armée, il connait ces ordres et prend le contrôle du chien pendant la bagarre. Il décide de le garder et le rebaptisera "Bear" (Balou en VF).

Carter ayant une piste sur une transaction faite par Root,Tao aidera Reese à analyser cette transaction, mais rien de concret ne ressort de cette recherche, si ce n'est que Root est une hackeuse exceptionnelle.

Ceux qui "possèdent" la machine, de leur côté (Penn2 et Denton Weeks), s'inquiètent de ce que l'enquête sur la mort d'Alicia Corwin pourrait dévoiler.
Ils ont donc envoyé leur homme de main Hersh saboter les preuves. Lorsque Carter informe Reese du sabotage, et qu'elle n'a aucune piste concernant Root de ce côté non plus, Reese réalise qu'il n'a vraiment aucune chance de retrouver FInch si la machine ne l'aide pas. Il s'adresse à nouveau à une caméra de sécurité, et cette fois, menace la machine de ne plus du tout travailler pour elle, de laisser les numéros tuer ou se faire tuer. Tao est toujours poursuivi, le danger est immédiat et la machine cède au chantage: elle envoie à Reese un nouveau code.
Ce code donne le numéro de sécu d'une toute jeune fille, Hannah, disparue au Texas il y a plus de 20 ans. Cette fois, Reese est certain que ce numéro est lié à Root. Il embrigade Carter pour partir avec lui à Bishop, Texas, où a disparu la fille.

Pendant tout ce temps, Root a fait pas mal de chemin avec Harold, qu'elle retient captif en menaçant de tuer des innocents s'il tente de lui échapper. Elle lui dit éprouver une grande admiration pour ce qu'il a conçu. Mais elle a une vision bien à elle : depuis qu'elle a découvert l'existence de la machine, elle est persuadée que ce n'est pas juste un programme, mais une nouvelle forme de vie à part entière. Une forme de vie toute puissante et pourtant "rendue esclave" des humains. Selon elle, les humains ne méritent pas une telle protection de la part de ce qui s'apparente à un Dieu. Elle a donc l'intention de trouver la machine et de la "libérer". Pour cela, grâce à divers stratagèmes, elle attire Denton Weeks dans un piège, car il sait la localisation de la machine.   L'épisode se termine sur Root injectant un anesthésique à Weeks.


Cet épisode contient également divers flashbacks sur la "naissance" et la programmation de la machine:

Le 1/1/2002 , Finch allume la machine pour la première fois.
"Est-ce que tu me vois?" (la machine place alors un carré jaune autour du visage d'Harold)
"Question suivante: qui suis-je?" (elle inscrit alors ADMIN à côté du carré)

Le 16/2/2012, FInch entraine la machine à suivre ses déplacements en ville par les caméras de sécurité.
Régulièrement, il lui demande (par téléphone portable) si elle le voit toujours. La machine répond d'un bip ou deux selon que c'est oui ou non.
Finch entre dans un magasin sans caméra de surveillance, pensant qu'elle ne le verra pas là, mais la machine répond qu'elle le voit toujours.
Etonné, Harold s'aperçoit qu'il y a un client avec un PC portable équipé d'une webcam assis à une table et que la machine a piraté cette webcam.
Il est très satisfait de son test.

Le 6/9/2013, il teste cette fois les capacités de prévisions de la machine, il se rend dans un casino et la laisse le guider dans ses choix à une table de black jack. IL gagne une somme considérable, la machine prévoyant presque sans faille les cartes qui vont sortir. Mais Harold perd volontairement à son dernier coup, par honneteté.
Sortant du casino, Harold constate un comportement étrange de la machine. Elle ne cesse de lui envoyer un message lui disant de "rester". Il conclut qu'il y a un bug, mais quelques instants plus tard, il se fait presque écraser par un homme qui a eu un malaise au volant. Il réalise alors que la machine cherchait à le prévenir du danger.
On le voit, un peu plus tard, parler à la machine. Il lui dit qu'elle ne peut pas privilégier sa vie à lui.Il l'a programmée pour protéger tout le monde, pas juste lui-même, lui explique-t-il.